Depuis sa fondation en décembre 1989, l’association des Petites Cités Comtoises de Caractère délivre une charte et un label de qualité à des communes rurales possédant un caractère urbain, architectural et paysager représentatif du patrimoine franc-comtois.
Parmi ces 38 cités, certaines s’illustrent par la beauté de leur site : Ornans, la Venise comtoise, Château-Chalon sur son éperon rocheux, ainsi que Pesmes, village médiéval le plus beau de France surplombant l’Ognon, Baume-les-Messieurs avec sa cascade et ses grottes, Fondremand et son château au pied duquel la Romaine prend sa source, entre autres...

Toutes les cités se distinguent aussi par leur patrimoine, tel celui de Poligny d’une richesse extraordinaire, Champlitte et Villersexel avec leurs châteaux imposants, Salins-les-Bains et Arc-et-Senans dont les salines figurent au patrimoine mondial de l’humanité par l’Unesco, sans compter Arbois la capitale des vins du Jura et fief de Pasteur.